每年申请高新技术企业的公司有几千家，通过率高达80%。也就是说，每年有20%的企业不合格，其中有部分企业完全符合高新技术企业申报条件，但未通过高新技术企业认定。原因是什么？
1、研发新项目
通常情况下公司直接按照专利产品明确新项目的名字，项目名字等同与专利名字，根据新的工作指示，产品研发活动指的是方便获得科学技术新的知识，创造性地使用科学技术，或实际性优化技术，产品（服务），并以明确目标进行。如果产品研发项目名字过于狭隘，不能反映公司对新技术的使用，很容易造成对是否有研发和专利或者专利再产品研发的模糊认识，现在常见的是专利申请时间早于企业产品研发新项目的启动时间，专家无法评审。
2、知识产权
引导对新分类的知产发明专利、植物新品种、农物新品类、药物、中药保护品种等集成电路分为Ⅰ类；实用新型和设计、软件著作权，等（不包括商标）分为二类，特别强调发明专利的重要性，部分企业纯粹是申报高并提交专利，全部是实用新型，专利技术不强，同时由国家专利局主管，引起知产和关键技术的产品研发新项目和产品不相关。
3、科技成果
新的科技成果转化工作指导，规定企业产品研发和科研成果年平均转化5项，申请高企，要公司科研成果，叙述科研成果，如何转化，使用于哪个产品，应用效果，产生收益？知产与新项目、产品存在严重的不匹配，当结果与产品无关时，很难介入。
4、财务会计
2016年申报流程，超过30%的公司2013/2014年度产品研发项目资金不在会计核算范围内，税务机关规定公司按照财税[2015]119号文，根据国家财政财务制度的规定，对研发费用采取会计处理，在研发新项目的同时应建立研发费用辅助账户，全面实施该领域的政策，要求部分企业提供详细的辅助账户。
此外，税务重点关注公司审计的报表是否与纳税申报表一致。如有不一致之处，应作出合理解释，未来高企应以税收数据为基础。
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